第二防御层是后助推期防御阶段。这一阶段通常持续6分钟，导弹母舱将放出多个弹头飞向不同的目标，再入飞行器、假目标和其他辅助穿透设备也在此时被释放。它们沿弹道曲线惯性飞行，穿出大气层飞向目标。这一防御阶段使用陆基或舰载激光武器摧毁漏网的弹头，理论计算摧毁率达90

　　第四防御层为末端拦截层，即对重返大气层后的弹头进行拦截。此时弹头飞临目标只剩几分钟时间，可用反导导弹、动能武器、粒子束等武器摧毁所有漏网弹头，命中率也要达到90%以上。如能达到理论计算的要求，对来袭导弹总拦截率可高达99.999%。